
약학연구소는 신약개발을 위한 약학의 기반학문과 기술력 제고, 약학연구자 양성과 연구 활성화에 그 설립목적이 있다. 이는 산학과 연구체제인 경기의약 연구센터가 추구하는 목표인 경기도 관내 중소제약산업의 국제경쟁력 제고를 통한 지역 경제의 활성화는 그 축을 달리한다고 하겠다. 따라서 약학 연구소와 경기의약연구센터가 도입한 최첨단 고가 기자재를 공동으로 활용하고 연구력을 공유함으로서 상호 보완적으로 연구 활성화를 통하여 약학 기반학문 연구 및 기술력 향상이라는 본래의 설립 목적을 보다 효율적으로 달성할 수 있겠다.

약학연구소는 1985년 8월 1일 성균관대학교 약학대학 부설 자활연구소의 형태로, 즉 대학본부로부터 재정적 지원을 받지 않는 연구소로 설립되었다. 당시 약학대학으로서는 선구적인 것으로서 이후 다른 약학대학의 연구소 설립에 모범이 되었다. 뿐만 아니라 정밀 화학 산업의 연구 분위기가 성숙되어 있지 않았던 당시, 비록 의약품 합성연구 분야에 집중된 것이었지만 약학계의 낙후된 연구 분위기를 선도하는 전기를 이룩하였다. 더욱이 대학의 재정적인 지원이 없이 제약 산업체와의 공동연구에 의한 연구 수탁자금으로 연구에 필요한 핵자기공명분석(NMR)등 첨단의 연구시설을 구비하고 연구팀을 만들어 업계에서 필요로 하는 각종의 연구 프로젝트는 물론 국내에서 수입하여 사용하는 원료의약품을 국산화하는 연구를 수행하여 업체에 제공함으로써, 우리나라의 제약 산업이 국제경쟁력을 갖도록 하기위한 노력에 큰 기여를 한 것으로 오늘날 평가할 수 있다. 약학 연구소의 소속 연구원으로 약학대학의 교수진들이 전원 참여하여 부단히 노력한 끝에 약 10년 후인 1995년 3월 1일 대학본부에서 예산의 일부를 지원하는 일반연구소로 인정하게 되었다. 2001년 3월부터는 학교의 일반연구소에 대한 정책이 변경되어 다시 약학부 소속의 자활연구소로 변환하였다.

| 1985. 09. 01 | 약학대학 부설연구소 설립 |
| 1993. 11. 05 | 약학대학 개교40주년 기념 학술대회 개최 |
| 1995. 03. 01 | 일반연구소 지정 |
| 2001. 03. 01 | 약학부 자활연구소 지정 |




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